例えば、csvファイルをアップロードして、サーバ側でどんどんDBにデータを追加していく場合、データ量があまりに多いと、サーバがタイムアウトと処理してしまう。（スクリプトからの反応がない＝無限ループしてるかも・・と思われてしまい、強制的に終了してしまうのである）
通常、set_time_limit()を使えば、その時間を延ばすことができる。（デフォルトは30秒）
・・しかし、PHPがセーフモードの場合、この値を変更できない。
以下、マニュアルより引用
set_time_limit() は、PHPがセーフモードで実行さ れている場合には実効がないことに注意して下さい。セーフモードをオ フにするか、設定フィ潤�磧� の時間制限を変更する以外に対策はありません。マニュアルにも対策はないって書いてるし（泣
[追記]
普通に対策するならば、DBにアクセスするPerlを別途書いて、それをPHP側からバックグランドプロセスとして起動させればオケ。というか常套手段か？
しかし、今回のサーバでは、PerlからDBにアクセスするモジュールが入ってないし、インストールもできない。ダメ鯖。
ということで、ロジックで回避するしかない。一応、対応策を考えついたけれど、な〜んか釈然としないなぁ。無駄が多いというか、サーバ側で対応すべきというか。。。